Slow and Steady Biology

python에서 bam이나 vcf 파일을 직접 다루기에는 정보도 많고 한줄한줄 코딩하기가 어렵다.pysam이란 모듈을 이용하면 좀 더 쉽고 빠르게 bam 파일이나 vcf 파일을 다룰 수 있기 때문에 pysam 모듈 사용법에 대해 알아보려고한다. 1. pysam이란?pysam은 SAM/BAM, VCF 형식의 파일을 읽고 조작하는 파이썬 모듈이다.이 모듈은 samtools의 기능을 간단하게 조작도 가능하며 tabix에 대한 인터페이스도 포함하고 있다. 2. pysam 설치하기pysam을 설치하는 방법은 두가지가 있는데, conda 를 이용해서 설치하거나 직접 pip install 명령어로 설치하면된다. conda config --add channels defaultsconda config --add chan..

NGS 데이터를 다루다보면 Fastq, BAM, VCF 등 다양한 형식의 파일을 접하게 됩니다.오늘은 그중에서 Fastq 파일을  biopython을 이용하여 다뤄보겠습니다. 1. Biopython 이란? 참고 링크 : https://biopython.org/ 바이파이썬이란 파이썬 라이브러리중 하나로, 분자생물학 계산에 자유롭게 사용할 수 있습니다. 유전체 데이터 서열을 읽거나 생물 정보 데이터를 다루는데 주로 사용합니다. 아래 형식들의 파일들은 Biopython에서 지원하는 파일 형식들 입니다.- Blast output- Clustalw- FASTA- GeneBank- PubMed- ExPASy files- SCOP- UniGene- SwissProt 2. Biopython 설치방법 (LINUX, MA..

Sample contamination 이란 NGS 실험하는 사람이라면 누구나 한번쯤 생각해볼법한 이슈이다. 실험하다가 옆에 well에 contam 되기는 매우 쉽지만, 어떤 샘플에 의해 contam이 되었는지 알아내기는 어렵다. 이러한 contamination issue를 해결하기 위해 몇가지 tool을 찾아본 결과 ArtDeCo라는 tool을 발견하였다. 1. ArtDeCo 란? NGS를 이용한 DNA sample 사이의 cross-contamination을 알아낼 수 있도록 개발한 tool 이다. 아래 논문을 보면 batch 내 샘플들에게서 중복되는 SNV의 AR(Alleic ratio) 확인하여 샘플들의 Contamination을 확인한다. https://bmcbioinformatics.biomed..

파이썬 for문을 이용하여 몇가지 유용한 방법들을 알아보자. 1. range 를 사용한 for 문 이용 range를 이용하면 시작부터 끝값 까지 사용자가 범위를 설정 가능하다. for문을 이용하여 원하는 범위의 숫자, 홀수, 짝수 등 출력 가능하다. #for 실습 for v1 in range(4): print('v1 is:', v1) for v2 in range(1,11): print('v2 is :' , v2) for v3 in range(0,11,2): print('v3 is:', v3) sum=0 for v in range(1,1001): sum += v print(sum) print(type(range(1,11))) 2. Dictionary를 사용한 for 문 이용 Dictionary의 key 값..

1. python 버전 알아내기 python --version 2.python 설치된 경로 알아내기 일단 리눅스에서 $python을 치고 python을 실행한다. $python import sys sys.executable sys.executable을 치면 현재 사용하고 있는 파이썬의 경로가 나온다.