저번 포스팅에 이어서 CNVkit 분석에 사용되는 중요 Command 및 option들에 대해 정리해보았다. tool 설치가 아직 되지 않은 분들이 있다면 이전 포스팅을 참고하길 바란다. CNVkit의 전체적인 Workflow CNVkit의 전체적인 Workflow는 다음과 같으며 크게 3단계로 나눌 수 있다. 1. Target bins와 Off-target bins (.bed)를 생성하는 부분 2. normal sample을 이용하여 reference를 생성하는 부분 3. 실제 sample을 분석하여 Copy number를 계산하는 부분 매우 다행히도 우리는 각각의 단계를 실행하기 위해 command를 하나씩 치지 않아도 된다. CNVkit에서 batch라는 명령어를 통하여서 3단계를 한번에 실행 할 ..
