Slow and Steady Biology

지금부터 PostgreSQL로 DB생성해보겠다. 먼저, 이전에 postgreSQL을 Docker에 설치해놓았기 때문에, Docker를 이용하여 PostgreSQL 실행한다. 1. 컨테이너 postgresql 에 접속하기 [CONTAINER ID]에는 내가 실행한 컨테이너 아이디를 입력한다. 이때, [CONTAINER ID]를 모르면 docker ps 라는 명령어로 확인한다 docker exec -it [CONTAINER ID] bash 컨테이너로 들어오면 맨 앞에가 root@[CONTAINER ID] 으로 바뀐다. 2. 위의 단계에서 컨테이너로 들어왔으면, psql을 이용해 [USER ID]에 postgres라고 치고 postgresql로 접속한다. psql -U postgres 맨앞이 postgres=..

Docker hub에 접속(https://hub.docker.com/_/postgres) 다음과 같이 postgres 가 존재한다. 작업 환경은 linux(Ubuntu)이며 가장 최신 postgres를 가져왔다. 1. PostGres docker 가져오기 #명령어 docker pull postgres 위와같이 postgres를 불러왔으면 이미지가 생성이 되었는지 확인한다. #명령어 docker images 2. Postgres 컨테이너 생성하기 docker run -p 5432:5432 -e POSTGRES_PASSWORD="" --name PostgreSQL -d postgres ## 동일한 포트 번호 사용중인 경우 아래와 같은 오류 발생 : 이런 경우, 5432:5432 대신 5433:5432 로 변..

에러 원인: A.py 라는 파이썬 스크립트를 bash A.py로 돌렸다. 해결: python A.py로 돌리기 bash --> python 추가적으로 찾아보니 스크립트 맨 위에 #!/usr/bin/python 이라고 안써서 나오는경우도 있다고함.

명령어: multiqc . 오류 내용: 아래와 같이 vep 관련 오류 발생. output파일이 제대로 생성이 안된다. 구글링 해보니까 다음과같은 해결책이 나와있다. https://github.com/ewels/MultiQC/issues/1446 Error when no variants on VEP stats file · Issue #1446 · ewels/MultiQC Description of bug: MultiQC gives an error when no variants are present in the VEP stats file. MultiQC Error log: ╭────────────────────────────────────────────── github.com 나랑 똑같은 오류를 가진 사람 ..

Chef란? 셰프(Chef)란 루비와 얼랭으로 작성된 형상 관리 도구의 이름이자 회사명이기도 하다. 시스템 구성 '레시피(Recipe)'를 작성하기 위해 순수 루비형태의 도메인 특화 언어(DSL)를 사용한다. 회사의 서버의 구성 및 유지보수 작업을 간소화하며, 인터냅, 아마존 EC2, 구글클라우드 플랫폼, 오픈스택, 소프트레이어, 마이크로소프트 애저 등과 같은 클라우드 기반 플랫폼들과 통합해 자동적으로 새로운 머신을 프로비저닝하고 구성할 수 있다. 이러한 레시피들의 관리를 쉽게 하기 위해 쿡북(Cookbook)으로 묶을 수 있다. Bash script가 아닌 Chef를 사용하는 이유. Bash script는 어플리케이션 설치에 대한 예외처리를 하나하나 모두 신경써야한다. 반면, Chef는 전문적인 형상관..