명령어: multiqc .
오류 내용: 아래와 같이 vep 관련 오류 발생. output파일이 제대로 생성이 안된다.
구글링 해보니까 다음과같은 해결책이 나와있다.
https://github.com/ewels/MultiQC/issues/1446
Error when no variants on VEP stats file · Issue #1446 · ewels/MultiQC
Description of bug: MultiQC gives an error when no variants are present in the VEP stats file. MultiQC Error log: ╭──────────────────────────────────────────────
github.com
나랑 똑같은 오류를 가진 사람 발견!
아래와 같은 링크를 주면서 multiqc.py 파일을 수정하라고한다.
https://github.com/ewels/MultiQC/pull/1450/files/7a748063ea4ab40ac1f1c29b216c24b551a2d09a
Fix error when missing SNVs in VEP stats file by ErikDanielsson · Pull Request #1450 · ewels/MultiQC
Should close #1446. This comment contains a description of changes (with reason) CHANGELOG.md has been updated
github.com
하지만 수정해도 해결안됨..ㅎㅎ
결국 Multiqc 버전을 다운그레이드 해보았는데 잘되었다!
(ver.2 --> ver.1)
버전 바뀌면서 생성되는 문제였던것 같다! 해결완료!
근데 다운그레이드 되면서 input이 바뀌어서 결과가 sample 조각조각 나온다.
이건 --ignore-sample이용해서 합쳐준다.
명령어 : multiqc -f . --ignore-samples "*d*" --ignore-samples "*-j*"
#multiqc #vep #multiqcerror #--ignore-samples #shell #오류
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