[바이오파이썬] biopython 설치 방법

NGS 데이터를 다루다보면 Fastq, BAM, VCF 등 다양한 형식의 파일을 접하게 됩니다.

오늘은 그중에서 Fastq 파일을  biopython을 이용하여 다뤄보겠습니다.

 

1. Biopython 이란?

 

참고 링크 : https://biopython.org/

 

바이파이썬이란 파이썬 라이브러리중 하나로, 분자생물학 계산에 자유롭게 사용할 수 있습니다. 유전체 데이터 서열을 읽거나 생물 정보 데이터를 다루는데 주로 사용합니다.

 

아래 형식들의 파일들은 Biopython에서 지원하는 파일 형식들 입니다.

- Blast output

- Clustalw

- FASTA

- GeneBank

- PubMed

- ExPASy files

- SCOP

- UniGene

- SwissProt

 

2. Biopython 설치방법 (LINUX, MAC)

 

현재 나와있는 biopython 최신버전은 1.83으로 해당 버전을 설치해보겠습니다.

 

가장 먼저 해야할일은 linux에 python package management tool인 pip을 설치하는 일 입니다.

pip이 설치되어있다면 아래와 같이 pip을 이용하여 biopython을 설치해줍니다.

참고로 biopython은 python2, python3 에서 모두 설치가 가능합니다.

 

<biopython 설치하기>

pip install biopython

 

<biopython 업그레이드 하기>

pip install --upgrade biopython

 

<biopython 삭제하기>

pip uninstall biopython

 

설치가 되었다면 터미널에서 다음과 같은 코드로 설치가 완료되었는지 확인합니다.

import Bio
Bio.__version__

 

import Bio를 입력하였을때, 아무 오류없이 출력된다면 설치가 완료되었습니다.

Biopython의 버전을 알고싶을 경우 Bio.__version__을 입력하면 설치된 biopython 버전을 확인할 수 있습니다.