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Sample contamination 이란 NGS 실험하는 사람이라면 누구나 한번쯤 생각해볼법한 이슈이다. 실험하다가 옆에 well에 contam 되기는 매우 쉽지만, 어떤 샘플에 의해 contam이 되었는지 알아내기는 어렵다. 이러한 contamination issue를 해결하기 위해 몇가지 tool을 찾아본 결과 ArtDeCo라는 tool을 발견하였다. 1. ArtDeCo 란? NGS를 이용한 DNA sample 사이의 cross-contamination을 알아낼 수 있도록 개발한 tool 이다. 아래 논문을 보면 batch 내 샘플들에게서 중복되는 SNV의 AR(Alleic ratio) 확인하여 샘플들의 Contamination을 확인한다. https://bmcbioinformatics.biomed..

1. 평균, 편차, 분산, 표준편차 평균: 산술평균, 표본을 모두 더한 후 해당 표본의 수로 나눈 값 편차: 하나의 변량이 평균으로 부터 얼마나 떨어져 있는가르 나타내는 값. 각각의 변량에서 평균을 뺀 값을 의미함. 표준편차: 흩어짐에 대한 정도. 분산을 제곱한 값이다. 분산의 양의 제곱근으로 표준편차가 작은 것은 평균값 주위의 분산의 정도가 작은 것을 나타낸다. 기호는 다음과 같이 나타낸다. 2. 자유도와 불편추정량 자유도와 불편 추정량을 이해하기 위해서 먼저 표본 분포에 대한 개념을 알아야한다. 표본분포 : 표본통계량(sample statistic)의 확률분포 이다. 표본통계량이란 표본평균이나 표본분산처럼 표본의 특성을 나타내는 대표값을 말한다. 모집단의 특성을 나타내는 대푯값인 모수(paramete..

파이썬 for문을 이용하여 몇가지 유용한 방법들을 알아보자. 1. range 를 사용한 for 문 이용 range를 이용하면 시작부터 끝값 까지 사용자가 범위를 설정 가능하다. for문을 이용하여 원하는 범위의 숫자, 홀수, 짝수 등 출력 가능하다. #for 실습 for v1 in range(4): print('v1 is:', v1) for v2 in range(1,11): print('v2 is :' , v2) for v3 in range(0,11,2): print('v3 is:', v3) sum=0 for v in range(1,1001): sum += v print(sum) print(type(range(1,11))) 2. Dictionary를 사용한 for 문 이용 Dictionary의 key 값..