Slow and Steady Biology

python에서 bam이나 vcf 파일을 직접 다루기에는 정보도 많고 한줄한줄 코딩하기가 어렵다.pysam이란 모듈을 이용하면 좀 더 쉽고 빠르게 bam 파일이나 vcf 파일을 다룰 수 있기 때문에 pysam 모듈 사용법에 대해 알아보려고한다. 1. pysam이란?pysam은 SAM/BAM, VCF 형식의 파일을 읽고 조작하는 파이썬 모듈이다.이 모듈은 samtools의 기능을 간단하게 조작도 가능하며 tabix에 대한 인터페이스도 포함하고 있다. 2. pysam 설치하기pysam을 설치하는 방법은 두가지가 있는데, conda 를 이용해서 설치하거나 직접 pip install 명령어로 설치하면된다. conda config --add channels defaultsconda config --add chan..

NA12878이란?NA12878이란 유전체연구에서 널리 사용되는 참조 인간 유전체 샘플 중 하나로 표준물질로 주로 사용된다.이 샘플은 여성의 혈액에서 추출된 B세포 계열의 세포주로 부터 유래되었다. NGS 검사에서 검사의 Specificity나 Sensitivity를 확인하기 위해 참값을 알고 있는 표준물질을 사용하는데, 이때 NA12878을 주로 사용한다.  Genome In A Bottle (GIAB) 에서 NA12878을 다운로드 받을 수 있다. NA12878 FASTQ 다운로드 방법아래 링크에서 fastq 다운로드가 가능하다.https://www.internationalgenome.org/data-portal/sample/NA12878 Data portal | 1000 Genomes www.int..

나중에 내가 보려고 적어두는 파워포인트 고화질 캡쳐 저장법입니다. TIFF 파일이란? (*.tif)TIFF(Tagged Image File Format)은 고품질 이미지 저장을 위해 설계된 이미지 파일 형식입니다. 주로 사진, 스캔된 문서, 그래픽 디자인, 그리고 출판 분야에서 사용됩니다. 논문 figure의 경우도 인쇄를 위해 고화질 이미지 파일인 tiff 를 많이 사용합니다. TIFF 파일 확장자일반적으로 .tif 또는 .tiff 확장자를 가집니다.두 확장자는 기능적으로 동일하며, 시스템 또는 소프트웨어에 따라 사용됩니다. TIFF와 다른 파일 형식 비교 특징TIFFJPEGPNG압축 방식무손실/손실 가능손실무손실품질고품질, 무손실품질 손실 있음고품질, 무손실파일 크기크기가 큼작음중간다중 페이지지원 (..