Slow and Steady Biology

리눅스에서 직접 R을 사용하기란 여간 불편한 일이 아니다.리눅스 서버와 연동된 R studio를 사용하기위해서 아래와 같이 간단한 명령어만 알아두면 된다. ssh 서버가 선행적으로 설치되어있어야하고 ssh user@ip 로 외부 접속이 가능한 경우 아래의 방법대로 사용이 가능하다. 1. R studio 서버 다운로드 및 설치리눅스 terminal 에 아래와 같은 명령어를 입력한다.sudo apt-get install gdebi-corewget https://download2.rstudio.org/server/bionic/amd64/rstudio-server-2022.02.1-461-amd64.debsudo gdebi rstudio-server-2022.02.1-461-amd64.deb 2. 현재 접속되어..

NGS 데이터를 다루다보면 Fastq, BAM, VCF 등 다양한 형식의 파일을 접하게 됩니다.오늘은 그중에서 Fastq 파일을  biopython을 이용하여 다뤄보겠습니다. 1. Biopython 이란? 참고 링크 : https://biopython.org/ 바이파이썬이란 파이썬 라이브러리중 하나로, 분자생물학 계산에 자유롭게 사용할 수 있습니다. 유전체 데이터 서열을 읽거나 생물 정보 데이터를 다루는데 주로 사용합니다. 아래 형식들의 파일들은 Biopython에서 지원하는 파일 형식들 입니다.- Blast output- Clustalw- FASTA- GeneBank- PubMed- ExPASy files- SCOP- UniGene- SwissProt 2. Biopython 설치방법 (LINUX, MA..

1. python 버전 알아내기 python --version 2.python 설치된 경로 알아내기 일단 리눅스에서 $python을 치고 python을 실행한다. $python import sys sys.executable sys.executable을 치면 현재 사용하고 있는 파이썬의 경로가 나온다.

Chef란? 셰프(Chef)란 루비와 얼랭으로 작성된 형상 관리 도구의 이름이자 회사명이기도 하다. 시스템 구성 '레시피(Recipe)'를 작성하기 위해 순수 루비형태의 도메인 특화 언어(DSL)를 사용한다. 회사의 서버의 구성 및 유지보수 작업을 간소화하며, 인터냅, 아마존 EC2, 구글클라우드 플랫폼, 오픈스택, 소프트레이어, 마이크로소프트 애저 등과 같은 클라우드 기반 플랫폼들과 통합해 자동적으로 새로운 머신을 프로비저닝하고 구성할 수 있다. 이러한 레시피들의 관리를 쉽게 하기 위해 쿡북(Cookbook)으로 묶을 수 있다. Bash script가 아닌 Chef를 사용하는 이유. Bash script는 어플리케이션 설치에 대한 예외처리를 하나하나 모두 신경써야한다. 반면, Chef는 전문적인 형상관..