[Coursera]3. From Implanted Patterns to Regulatory Motifs

1.From Implanted Patterns to Regulatory Motifs

-Do We have a Clock gene?

우리의 낮과 밤을 정하는 clock gene이 존재할까? molecular time keeper는 우리몸의 유전자발현을 변화시키는데, 이는 아침에 필요한 단백질과 밤에 필요한 단백질이 다르기 때문이다. 이와 관련지어 우리는 수면장에와 관련된 유전자를 찾을 수 도 있다.

식물의 경우 시간을 지키는 것은 삶과 죽음을 결정한다. 광합성 등을 보면 알 수 있다. 이런 식물의 유전자는 일주기를 결정한다. 식물에서는 3개의 유전자가 이러한 일주기행동을 조절한다. Regulartory protein으로 CCA1, LCY, TOC1이 있다. (이는 전사인자로도 알려져 있다.)

-Implanted Motif Problem 

a set of strings Dna, 그리고 정수  k(motif length), d(motif안에 mismatch된 maximal number)를 입력하면 그 Dna에서 (k,d)-motifs를 찾아야한다. 문제를 해결하기 위해서 Pairwise comparison을 사용한다. 하지만 4 mismatches가 존재하므로 Pairwise comparison은 약간의 오류가 있을 수 있다.

-Motif Finding Problem(Music Break)

-Median String Problem

-Greedy Motif Search

 

2.How Rolling Dice Helps us find Regulatory Motifs