임상 Database에는 다양한 종류의 DB가 사용된다. Somatic과 관련된 DB로는 대표적으로 OncoKB, Civic, Clinvar 등이 있으며 오늘 소개할 DB는 CKB( ClinicalKnowledgebase) 이다.
CKB란?
clinical desicion making을 하기 위해 암환자의 서열정보와 관련된 inhouse-databse 이다.
Precision medicine은 개인의 유전체, 환경 및 생활 양식을 고려하여 질병의 예방과 치료를 맞춤화하는 의학적 접근 방식을 가리킵니다. 이는 각 개인의 유전적, 생물학적, 생화학적 특성을 고려하여 질병의 원인을 이해하고, 이에 맞는 치료 및 예방 전략을 개발하는 것을 목표로 한다.
특히 암에서의 precision medicine에서는 암종의 비정상적인 성장이나 치료의 연관성을 통하여 다양한 암종의 특징들을 정의하는 연구들이 있다.
하지만, 그러한 데이터들은 손쉽게 존재하거나 통일화된 형태가 아니다. 그리고 환자들에게 적절한 데이터를 임상적으로 수용하기에는 쉽지 않다.
JAK-CKB는 이러한 문제를 해결하기 위해 data loader, mapper의 역할을 한번에 할 수 있는 in-house database이다.
JAX Clinical Knowledge 는 임상적 레포트를 위한 포괄적인 데이터에 접근 가능하다. 이는 임상적으로 관련된 데이터들의 저장소의 역할을 하는데, JAX CTP(JAX Cancer Treatment Profile) 그리고 molecular variant의 functional significance에 대한 annotation 정보를 제공한다.
이러한 분석을 통해 환자의 징후나 molecular aberrations 그리고 targeted therapy에서 확인되는 strong 또는 weak representation 을 확인 가능하다.
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